De tunnel van Pouilly-en-Auxois is een 3333 meter lange tunnel in het Canal de Bourgogne. De tunnel ligt op het hoogste punt van het kanaal op 378 meter boven zeeniveau.
Tijdens de bouw van het lageruit gelegen kanaal was het nog lang niet duidelijk hoe het hoogste pint van het kanaal er uit kwam te zien. Delen van het kanaal waren al in gebruik, toen er uiteindelijk voor de bouw van een tunnel besloten werd.
Vanaf de opening van de tunnel, werden de schepen met de hand voortgetrokken om door de tunnel te komen. Dit kon oplopen tot een uur of tien.
In 1876 is een ketting sleepboot in gebruik genomen. Deze door een stoommachine aangedreven sleepboot kon de schepen door de tunnel slepen aan een op de vloer liggende ketting. De ketting is aan beide uiteinden van de tunnel verankerd. De stoommachine werkte met een kolen gestookte ketel. De uitlaatgassen hiervan kwamen in de tunnel. Omdat er geen ventilatie in de tunnel was, stond deze blauw van de rook.
In 1893 werd de stoommachine vervangen door een electromotor. De benodigde stroom kwam van kabels die bovenin de tunnel waren opgehangen. De passage achter de sleepboot duurde zo'n twee uur, en was een hele verbetering kwa luchtvervuiling in de tunnel.
In 1910 werd de bac transporteur in gebruik genomen. Een afzinkbare bak waar lege schepen in konden varen, en door een uitgekiend gebruik van ballast in de bak, kwamen lege schepen zo'n 60 centimeter minder hoog te liggen. Dan konden ze met die bak door de lage tunnel getrokken worden door de sleepboot. Aan de andere kant kon het schip de bak weer verlaten en de reis vervolgen. Aan de noordzijde ligt de kettingsleper op de plaats waar de bak kon liggen. De bak zelf ligt naast de sluis van Escommes aan de zuidzijde.