Het Canal de Huningue is een kanaal in de Alsace gebied in Frankrijk. Het loopt van Huningue naar Niffer. De vier sluizen in het kanaal zijn niet meer in gebruik voor de scheepvaart. Van Niffer tot Kembs is het kanaal wel bevaarbaar. Bij Kembs ligt een jachthaven.
In 1801 werd er een voedingskanaal gegraven van Huningue naar het kanaaldeel van Mulhouse naar Straatsburg van het Canal du Rhone au Rhin. In 1810 werd er begonnen om een bevaarbaar kanaal te graven, er kwamen vijf sluizen in. Rond 1831 werd het kanaal in gebruik genomen. Het is dan mogelijk om van Huningue naar Straatsburg te varen. De Rijn is daar nog niet bevaarbaar. Het kanaal van Huningue loopt dan tot in Mulhouse bij de rivier de Ill.
In 1929 zorgt het bedrijf Traction de l'Est met een elektriche locomotief een sleepdienst langs het kanaal.
Bij de bouw van de eerste Sluis van Niffer is de vijfde sluis van het kanaal van Huningue verdwenen.
Met het gereed komen van de kanalisatiewerken van de Rijn in 1961, is het mogelijk om met grote schepen van Straatsburg naar Bazel en nog verder te kunnen varen. In 1962 werd dan ook het kanaal van Huningue gesloten. Ook het gedeelte Mulhouse naar Straatsburg van het Rhône Rijnkanaal werd in de zelfde tijd gesloten.