Het Rhône Rijnkanaal is een Frans kanaal dat de Rivier de Saône, via de rivier de Doubs verbindt met de Rijn bij Niffer. Het kanaal is nu 236 kilometer lang en er zijn 114 sluizen nodig om over de waterscheiding tussen Doubs en Rijn te komen.
Er zijn nu meerdere delen van het kanaal;
Begin 18e eeuw bestond er al de wens om de stad Dole met de rivier de Doubs en de Saône te gebruiken om zo handel mogelijk te maken met de grote stad Lyon. Echter meerdere problemen met andere steden en mogelijke tolgelden maakten het vrijwel onmogelijk.
Rond 1719 kwam er een idee van een kanaal tussen Dole en Saint Jean de Losne. Het idee werd rond 1744 over genomen door Claude Quentin la Chiche, een ingenieursofficier. Hij breidde het idee zelfs uit om het kanaal door te trekken naar het Rijnbekken. Ingenieurs uit het Elzasgebied bevestigen met een rapport in 1754, de mogelijkheid om de Saône en Rijn met elkaar te verbinden.
Philippe Bertrand maakt zonder de plannen van la Chiche te kennen ook enkele rapporten op (1774 en 1777) om de Doubs te kanaliseren en met het stroomgebied van de Rijn te verbinden. 20 januari 1783 werd beslist om een kanaal van Saint-Symphorien naar Dole te graven. Op 25 september 1783 bevestigd een decreet van de raad van de koning de bouwplannen en er kon begin 1784 begonnen worden met het werk tussen Saône en Dole.
Het kanaal tussen Saône en de rivier de Doubs bij Dole werd tussen 1784 en 1802 gebouwd. De rest van het kanaal werd met enige onderbrekingen tussen 1804 en 1832 richting de Rijn gebouwd. De scheepvaart naar Besançon was mogelijk in 1820. en Mulhouse was bereikbaar in 1830. Uiteindelijk kon op 8 december 1832 het eerste schip via het kanaal op de Rijn komen. De officiële inhuldiging van het Rhone-Rijnkanaal vond plaats op 14 november 1834.
Het kanaal is tot 1853 bezit van een privaat bedrijf. In 1853 kwam het kanaal in bezit van de Franse overheid. Na de annexatie van het Elzas gebied in 1871 werd het deel kanaal in dat gebied gesloten. Pas na de Eerste Wereldoorlogkomt het Elzasgebied weer onder Frans bewind. Tussen 1882 en 1921 werd het kanaal aangepast naar de Freycinet standaardmaten.
In de jaren 60 van de vorige eeuw werd de Rijn gekanaliseerd. Beter gezegd werd het Grand Canal de Alsace aangelegd. Hier was na de Eerste Wereldoorlog al mee begonnen. Frankrijk had via het vredesverdrag van Versailles in 1919 het exclusieve recht gekregen om de rivier de Rijn te mogen gebruiken voor het opwekken van energie met waterkrachtcentrales. Pas na de Tweede Wereldoorlog vordert dit werk gestaag, en in de jaren 60 werd het noordelijke deel van het Rhone Rijnkanaal tussen Mulhouse en Straatsburg gesloten voor de scheepvaart.
Eind jaren 70 van de vorige eeuw waren er vergaande plannen om het kanaal verder te moderniseren en uit te breiden naar scheepvaart tot 5000 ton. Er zijn zelfs werken uitgevoerd om deze grote scheepvaart mogelijk te maken op het kanaal. De nieuwe Sluis van Niffer is zo'n werk, samen met het brede kanaal naar Mulhouse. Maar ook tussen Montbéliard en Étupes is een verbreding van het kanaal te zien. Sluis 12 is naar het oosten verplaatst, en Sluis 13 is verdwenen. Ook op de Saône werd begonnen met het aanpassen van de Saône. Er kwamen nieuwe grote sluizen bij Seurre, Écuelles, Ormes, Dracé en Couzon. De ontwikkeling stopte in 1992. Meerdere pogingen om het project weer verder te krijgen werden ondernomen in 1995, 1997, 1998, 1999. In 2009 verscheen een Rijn Rhone verbindingsproject via de Moezel en Saône, maar ook daar zijn tegenstanders actief in het verhinderen van zo'n groot project.
Ook in Zwitserland is een verbinding bedacht via Koblenz (niet de verwarren met de Koblenz bij de samenvloeiing bij de Moezel in de Rijn.) naar Morges via de Aar, het meer van Biel en Neuchâtel. Het gereserveerde land voor dit project werd in 2006 weer vrijgegeven.