De haven van Stein is mede met het kanaal, aangelegd tussen 1925 en 1935. De haven van Stein werd aangelegd in opdracht van de Staatsmijnen, die het haventerrein in gebruik namen voor de steenkolenverlading van de Staatsmijnen Maurits, Emma en Hendrik.
Het havengebied kwam te liggen aan het begin-/eindpunt van het netwerk van mijnsporen dat door Zuid-Limburg liep en zo kreeg het een rechtstreekse verbinding met de Limburgse mijnbedrijven. Op het hoogtepunt van de Limburgse mijnindustrie begin zestiger jaren was de haven van Stein de grootste binnenhaven van Nederland.
Na de sluiting van de mijnen in 1973 bleef de haven in gebruik door de opvolger van de Staatsmijnen, DSM. In 1995 werden de logistieke havenactiviteiten van DSM overgedragen aan overslagbedrijf Wessem Port Services.
De haven van Stein is er op berekend dat het omliggende terrein zou zakken vanwege de mijnbouw van Mourits II die tot ver onder Belgisch grondgebied doorliep. Opvallend in het terrein is het hoogteverschil van de brug van Stein naar de brug van Urmond. Hier is duidelijk een vrij laag gelegen landschap zichtbaar. De boerderij die vlakbij de brug van Stein staat, heeft vrijwel gelijk gestaan met het